密封容器は水に浮きます
ガラスビンは思ってるより大きいです。

浮かせたまま井戸の水を抜いて みてください。
潜水艦で海底にある宝を取りに行くイメージです。

井戸の水が抜けないという事でしょうか？
それなら、まず、井戸の水はどこで抜いたかは覚えていますか？
バルブを操作すれば、再度水を抜いたり満たしたり出来ますよ。

井戸の水は抜けで、箱のところに瓶が送れていたら、容器のふたを一旦開け、箱をタップして瓶の中をタップしてみてください。

取り出す時は、瓶を送った逆の手順です。

いかがでしょうか？