二回目のノーマルエンドの答えがヒントになります。
試しにメモのアルファベットを数えてみてもいいですね。
メモの数字ももちろん使います。

アルファベットの数を数えてみたとき、足りないなーと思いませんでしたか？
書かれていないアルファベット気になりますね。

足りないアルファベットをアルファベット順に並べて、メモの数字の通りに入れ換えてもダメだったという感じでしょうか？
それなら、もう一度足りないアルファベットを確認してみてください。

もしくは、両方扉を開けようと試していたら、トゥルーエンドも片方の扉しか開かないので、最後に導きだしたアルファベットのみ入力してみてください。

いかがでしょうか？

例えば、書かれていないアルファベットを書き出した時がKBAEで、数字が2143だった場合、こちらのアルファベットをまずアルファベット順に並べます。
KBAE→ABEK
次にアルファベット順に並べ変えたアルファベットを、数字の通りに並べ替えます。
1234→2143
ABEK→BAKE
となります。

上記で、書かれていないアルファベットをアルファベット順に並べ、数字の通りに文字を並べ替える形になりますが、いかがでしょうか？